1)循环水冲式生态厕所总体上需设置膜组件处理单元，易受无机盐类污染， 不锈钢蹲便器 操作要求较高，动力消耗大(电费达5000余元)，减量化程度不高，灭菌不彻底，为减少臭味需定期及时排污和补充清水，存在着污染物累积趋势，人数超载时生物处理效果较差。
2)免水打包型生态厕所清运成本较高、劳动环境较差，在清运过程中排泄物极有可能泄漏造成二次污染，且部分包装材料不易降解。
3)免水微生物堆肥型生态厕所降解菌种 单一，好氧型动力消耗大，厌氧型二次污染严重，减量化程度不高，需考虑 有机肥料的出路。
4)目前，免水降解型生态厕所的问题是 ：使用的微生物原种 还依赖于日本进口，成本高，约占每天200人次粪尿单蹲位主机价格的15%一20%；降解菌原种 的筛选、驯化、强化、纯化方面的关键技术的国产化还存在诸多难点，对产业化是 一个制约因素；尿液比例大时要维持生物反应器的正常运行，还是 一个难题。关于接待人次与降解效率、运行温度与节能、昼夜的管理、节假日与平时管理，均需研究其内在的规律和自动运行方法，使运行经验提升为专家系统。
5)目前家庭使用的免水生态厕所还是 空白。在技术上，目前任何一种 生态厕所都不能完全满足家庭环境使用的要求，另外在观念上生态厕所被家庭所接受也需要时日。
6生态厕所发展展望
l)在技术上，各型生态厕所中较有发展前景的免水生物降解型生态厕所的专用菌种 目前还依赖进口，具有自主知识产权的菌种 的选育、扩增、提纯和制剂还需要投入大量的研发力量和资金。不掌握这一核心技术，该型生态厕所的建设投资和使用成本就难以下降。其它类型的生态厕所己完全实现国产化，但结构较复杂，成本下降空间己经有限。这是 影响全面推广应用的主要因素。随着技术水平和制造工艺的提高，使用的可靠性将会不断改善。
2)随着试点工作的深入，生态厕所的优点将越来越赢得人们的认同。其在风景名胜区、无上下水设施的场所、交通工具中的使用己呈现出不可替代性。因此，生态厕所将较先在公共场所推广应用。
3)与太阳能技术配套使用，将成为一种 必然的发展趋势。降低运行的电耗比节省一定的一次投资更有意义。
4)生态厕所在公共场所的普遍应用可以改善局部的生态环境，但只有当生态厕所走进每个家庭，厕所革命才会真正到来，这将是 21世纪较重要的事件之一。http://www.pusenjinshu.com
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