近年来，随着农户对生物菌肥认识的提高，生物菌肥在经济作物生产中的应用越来越广泛。在作物生产过程中，通过增施微生物菌肥，能减少化肥用量、降低生产成本，改良土壤结构，消除土壤板结，提高作物品质等作用。那作物如何合理施用微生物菌肥？
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选择质量可靠的产品
菌肥必须保存在低温、阴凉、通风、避光处，以免失效。有的菌种需要特定的温度范围，所以我们应谨慎选择菌肥产品。不可以贪图便宜选择过期产品，一般超过两年的生物菌肥要慎重选择。没有低温贮存条件的单位和个人，购买生物菌肥后应在短期内使用。
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使用方法要得当
生物菌肥可作基肥，撒施、沟施或穴施，也可作追肥。生物菌肥穴施效果较好，尤其是土壤中病原菌积累较多时。此外，用生物液体菌肥蘸根不仅能够促进作物根系生长，而且对抑制作物根部病害也有显著的效果。
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满足生物菌肥肥效发挥条件
菌肥中的菌种只有经过大量繁殖，在土壤中形成规模后才能有效体现出菌肥的功能，为了让菌种尽快繁殖，就要给其提供合适的环境条件。调控好地温、土壤的湿度，保持良好的土壤通气性和适宜的土壤PH值。
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尽量减少微生物死亡
施用过程中应避免阳光直射；蘸根时加水要适量。生物菌肥不宜与杀菌剂及含有杀菌剂的包衣种子合用或混用，使用菌肥后不要再用农药灌根，以免将菌肥中特定微生物杀死。
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注意施足有机肥
有机质是微生物的主要能源，有机质分解还能供应微生物养分。如果土壤中的有机肥施用不足，生物菌就会因食物缺乏而使用效果不良。如果土壤中的有机质供应充足，生物菌肥中的益生菌就会大量的繁殖，从而增强对有害菌的抑制。因此，施用生物菌肥时一定要注意施足有机肥。
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与其他肥料搭配施用
微生物菌肥本身养分含量低，必须与其他肥料搭配施用。菌肥除了不宜与碳酸氢铵等化肥混用外，与其它化肥混用还有不少好处。单独施用大量化肥，利用率低，容易对作物产生毒副作用，若与枫丹百丽菌肥混合后施用，可明显减少化肥施用次数、施用剂量，防止流失，提高利用率。
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要及时多次补充生物菌肥
生物菌肥要发挥作用，需要有益微生物大量繁殖才能发挥作用。要注意不断补充新的菌肥，如基肥中用过后，可多次追同一种生物菌肥，以壮大菌群，提高防效。
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