该燃料电池所使用的燃料是由猪粪发眯产生的沼气，为了保证对环境的友好，我们采用改进的活性污泥方法对发酵后的废水进行处理。
废水中氮的存在形式，以有机氮化合物和氮氮为主，传统的活性污泥法能将有机氮化合物转化为氮氮，却不能有效的除氮。
利用污泥中的各种有效细菌，结合好氧与厌氛，废水生物脱氮的基本原理即在于通过硝化反应先将氮氮载化为硝映盆，再通过反硝化反应将硝映盆还原成气态氮从水中逸出。废水中的磷的存在形态取决于废水的类型，最常见的是磷酸盐、聚磷酸盐和有机磷，传统的生物处理的出水中，90%左右的磷以礴映盐的形式存在
生物脱磷的基本原理可以描述如下：当某些细菌交替地处于厌氧条件与好载条件时，它们能在厌氧条件下吸收低分子的有机物（如脂肪映），同时将细胞原生质中果合磷映盆异染拉的磷释放出来，提供必需的能t，在随后的好氛条件下，所吸收的有机物将被筑化并提供能量，同时从废水中吸收超过其生长所需的磷并以莱磷酸盆的形式贮存起来。由于系统必须经常排放剩余污泥，被细菌过t摄取的磷也将随之排除系统，因而可以获得相当好的脱礴效果。
废水处理采用好氧与厌氧相结合的方法，让硝化反应与反硝化反应充分进行，更好的去除废水中的氮和磷。具体来讲可以分为两部分：一部分是标准活性污泥处理，这一部分主要利用徽生物的作用来进行；另一部分是凝聚沉淀处理，主要通过加入一些化学试荆来有效的降低废水中的悬浮物的含量，达到排放标准。
